La departamento de investigación es una fracción importante de la SEPI Tecamachalco, de ella se desprenden becas de investigación para estudiantes y profesores. Algunas de las becas disponibles son:
• Beca institucional de posgrado
• Beca de Estímulo Institucional de Formación de Investigadores (BEIFI)
• Beca de movilidad internacional nivel Posgrado
• Becas CONACyT nacionales
• Becas al extranjero CONACyT
• Beca de estudios COFAA
• Programa de Estímulos al Desempeño de los Investigadores (Beca EDI)
• Beca SNI CONACyT